تناط بمديرية علم الأوبئة ومحاربة الأمراض المهام التالية :

- القيام بمراقبة انتشار الأوبئة بين السكان وإمساك مجذة مركزية للأوبئة ؛

- تقييم الخصائص الوبائية للسكان؛

- القيام بجميع أعمال البحث والدراسة في مجال علم الأوبئة؛

- تخطيط وإنجاز برامج محاربة الأمراض؛

- برمجة وإنجاز الأعمال الرامية إلى حماية الوسط البيئي ودعم إنجاز برامج محاربة الأمراض بتدخلات وقائية ؛

- القيام بمراقبة جودة المختبرات البيولوجية التابعة لوزارة الصحة العمومية وتحديد المعايير التقنية لتسييرها ؛

- النهوض والمساهمة في مراقبة تطبيق الأنظمة المتعلقة بالوقاية من الأشعة والمشاركة في حراسة وتتبع ومراقبة المنشآت التي تستخدم الإشعاعات الأيونية وكذا مراقبة النشاط الإشعاعي للبيئة؛

- القيام بالمراقبة الصحية للمواد الغذائية.

تشتمل مديرية الأوبئة ومحاربة الأمراض على

- قسم صحة البيئة والذي يضم:

* مصلحة التطهير الأساسي؛

* مصلحة المحافظة على الصحة الغذائية؛

* مصلحة مكافحة ناقلات الأمراض؛

* مصلحة الأعمال المشتركة ما بين القطاعات؛

* مصلحة سلامة البيئة.

- قسم الأمراض غير المتنقلة والذي يضم:

* مصلحة الصحة العقلية والأمراض المتنكسة؛

* مصلحة طب الفم والأسنان؛

* مصلحة صحة العمال؛

* مصلحة الأمراض الأيضية والغددية؛

* مصلحة أمراض القلب والشرايين وأمراض السرطان.

- قسم الأمراض المتنقلة والذي يضم:

* مصلحة الأمراض الطفيلية ؛

* مصلحة الأمراض التنفسية ؛

* مصلحة الأمراض البصرية والسمعية ؛

* مصلحة الأمراض الجلدية ؛

* مصلحة الأمراض التناسلية وداء فقدان المناعة المكتسبة (السيدا)؛

* مصلحة الأمراض الوبائية.

- مصلحة المراقبة الوبائية؛

- المعهد الوطني للصحة؛

- المركز الوطني للوقاية من الاشعاعات؛

- المصلحة الإدارية.