تناط بمديرية التنظيم والمنازعات المهام التالية :

- القيام بالدراسات القانونية وإعداد مشاريع النصوص التشريعية والتنظيمية المتعقلة بالصحة؛
-
بحث ملفات المنازعات التي تهم الوزارة؛
-
تقديم دعمها للمديريات الأخرى في المجال القانوني؛
-
التتبع الإداري لعلاقات الوزارة مع الإدارات الأخرى والجماعات المحلية والجمعيات الوطنية؛
-
المساهمة في مراقبة مزاولة المهن المنظمة وفقا لأحكام النصوص التشريعية والتنظيمية الجاري بها العمل.

وتشتمل هذه المديرية على :

- قسم التنظيم الذي يضم :

* مصلحة الدراسات القانونية والأنظمة الأساسية؛
*
مصلحة النصوص التشريعية والتنظيمية المتعلقة بالصحة؛
*
مصلحة الاتفاقيات والعلاقات مع الجمعيات ذات الغرض الصحي.

- قسم المنازعات والشؤون المهنية والذي يضم :

* مصلحة المنازعات؛
*
مصلحة تنصيب المهن المنظمة؛
*
مصلحة مؤسسات العلاج ومختبرات التحليل.​