تناط بمديرية التخطيط والموارد المالية المهام التالية :

- المساهمة في تحديد التوجهات في ميدان التخطيط الصحي بالبلاد؛
- القيام بالدراسات والأبحاث القطاعية أو المشتركة بين القطاعات قصد تحليل وتقييم الوضعية الصحية؛
- الحرص باتصال مع المديريات والهيئات العامة أو الخاصة الوطنية على إعداد وتنسيق برامج العمل وفقا للتوجهات الوطنية ولاسيما فيما يتعلق بالوقاية أو العلاج أو التأشير الصحي؛
- النهوض بالبحث واقتراح مشاريع البنيات التحتية المرتبطة بالخريطة الصحية للبلاد؛
- تنسيق عمل الوزارة فيما يتعلق بالميزانية بإعداد مشاريع قانونية مالية خاصة بالوزارة انطلاقا من الاقتراحات التي تقدمها المديريات؛
- رصد الاعتمادات بتفويضها إلى الآمرين المساعدين بالصرف وإمساك محاسبة للوزارة؛
- القيام بدور مراقب للموارد عن طريق استعمال الوسائل الميزانية وغير الميزانية المرتبطة بإنجازات الوزارة؛
- القيام بدراسات اقتصادية حول النظام الصحي تنصب على التقييم والتقدير؛
- إعداد نظام للتأمين من المرض والمساهمة في تنفيذه في حدود اختصاصات الوزارة وبتعاون مع الشركاء الآخرين والإدارات المعنية؛
- النهوض بالتعاون في ميدان الصحة والبحث عن مساعدات التعاون التي يمكن أن تمنح للمغرب أو يستفيد منها لتنمية الصحة وكذا جردها وتعيينها؛
- تحديد مشاريع التعاون الصحي وتنسيقها مع المديريات المهنية والشركاء المعنيين؛
- النهوض بالتعاون الثنائي والمتعدد الأطراف.

وتشتمل هذه المديرية على :

- قسم التخطيط والدراسات الذي يضم :

*مصلحة التخطيط؛
* مصلحة الخريطة الصحية؛
* مصلحة الدراسات والإعلام الصحي؛
* مصلحة الاقتصاد الصحي.

- القسم المالي الذي يضم :

* مصلحة الميزانية؛
* مصلحة المحاسبة؛
* مصلحة تتبع وتقييم الموارد المالية.