Depuis sa création en 1931, le Département de Microbiologie des Eaux et Aliments et Hygiène Alimentaire est l'un des piliers des enquêtes épidémiologiques menées par le Ministère de la Santé. Ses objectifs premiers, tracés déjà en 1958, sont d'assurer et de mener à bien toutes les analyses microbiologiques des eaux et des denrées alimentaires aussi bien pour les services publiques que pour le secteur privé et de former les techniciens des laboratoires et les techniciens d'assainissement de tout le pays. 

Le département de Microbiologie des Eaux et Aliments et Hygiène Alimentaire constitue le laboratoire national de référence pour le Ministère de la Santé.

Les attributions du département de Microbiologie des Eaux et Aliments et Hygiène Alimentaire sont multiples.
Rôle de support logistique du Ministère de la Santé dans la réalisation des programmes sanitaires en matière de laboratoire.
L'élaboration des normes microbiologiques pour les eaux et les denrées alimentaires.
Formation du personnel médical, paramédical et scientifique des laboratoires dans la standardisation de la méthodologie de travail et dans le contrôle de qualité en bactériologie.
Depuis 2001, et, dans le cadre de la stratégie de restructuration, le département de Microbiologie des Eaux et Aliments et Hygiène Alimentaire s'est fixé plusieurs objectifs. Ces objectifs sont à réaliser sur une période de trois années.

Le renforcement du système d'épidémio-surveillance des toxi-infections alimentaires collectives (TIAC) par l'introduction de nouvelles techniques spécialisées et une méthodologie d'études au laboratoire qui fournira une information exacte et utile pour lutter contre l'épidémie tout en accordant une place importante à la coordination des activités du microbiologiste et de l'épidémiologiste.
L'élargissement de l'éventail des prestations en bactériologie alimentaire par l'introduction des analyses spécialisées à visée diagnostique.
La création d'unités de référence telles que l'unité de référence de Listeria monocytogenes, l'unité de Legionella pneumophilla et l'unité de Clostridium botulinum.